Вполне вероятно. Те же ПТУРы типа "выстрелил и забыл" бьют примерно в геометрический центр цели, вполне возможно Нептуны работают по такой-же схеме. К тому-же это объясняет почему с виду целый (слегка копчёный) корабль ушел на дно.
Первый Нептун мог вскрыть борт, а второй влететь в эту дыру и рвануть внутри корпуса. В этом случае внешний урон будет минимальным, а внутри будет фарш и паштет.