Итак. Давайте разберёмся.
АО РЖД это дочерняя компания правительства РФ, которая занимается коммерческой деятельностью. Т.н. естественная монополия. По сути частная компания (АО), которая, однако, оказывает такие виды услуг, которые должны находится под контролем государства. Это везде так.
У РЖД есть свои доходы, расходы, прибыль, оборот. Оборот за 2013, кстати - 1,376 трлн руб. В казну РЖД приносит 2,5 ВВП по фоициальным данным. РЖД, естественно, обязана полностью отчитываться в финансах перед своей материнской компанией т.е. перед правительством.

Имеем:
Огромный баланс РЖД значительно превышающий 50 млрд.
Проект
Целевой перевод из фонда на 50 млрд на проект

Примерная ситуация:
Получив деньги от правительства РЖД начинает актуализировать расчеты по проекту. Это всегда так. Сначало оценки, ТЭО, реализация.. Допустим РЖД посчитало, что сейчас не выгодно реализовывать данный проект целиком (например из-за стоимости импортного оборудования) и лучше подождать, хотя и прикупить по мелочи на 3.7 млрд. Вполне обычная ситуация сейчас.

А теперь собственно к чему я всё это пишу.
Допустим баланс РЖД на какое-то там число составляет 500 млрд рублей. От правительство поступает 50 млрд. Баланс становится 550 млрд.
Финансисты РЖД видят возможность вложить 50 млрд. под проценты с какой-либо выгодой. Соответственно, 50 млрд они переводят в ВТБ.
Хочу заметить в это ситуации основные моменты:
- 50 млрд изъяты из оборота частной компании.
- 50 млрд целевых денег по-прежнему лежат на счету и по ним по-прежнему необходимо отчитываться.
Отсюда:
- если проценты пришли в плюс, то компания заработала денег.
- если проценты пошли в минус, то компания понесла убытки.
- 50 млрд. госденег по прежнему на месте.

Неправильно говорить , что они "прокрутили" ИМЕННО ЭТИ ДЕНЬГИ. Они прокрутили то, что смогли/что захотели. Это их право на коммерческую деятельность. И их право на прибыль с такой деятельности. С них никто не снимает требования отчитываться за те деньги, которые они получили целевым образом. Никого вообще не смутило, при обороте в 1,3 трлн, компания "крутит" именно государственные деньги? У них что всего 50 млрд на счету чтоли?

Мне РЖД вот тоже не по нраву и я предпочитаю Аэрофлот, но тут совсем уж прохладный вброс для тех, кто даже не задумается о том, что я написал.