Ну смотри. Берем абстрактную войну, абстрактную сдавшуюся сторону и абстрактный город. По итогу войны в стране будет множество нелегального оружия, а ввиду того, что сторона сдалась недавно и полыхающие ненавистью к захватчику. Устроить чистки - ещё сильнее дестабилизировать ситуацию и обречь территорию на упадок в течении долгого времени. Оставить охрану новых управленцев на обычную полицию - труп управленца в течении недели. Военная полиция покрепче будет и полномочия повыше.
А там уже со временем "благонадежные граждане" сами сдадут "неблагонадежных" и ситуация стабилизируется. Пара поколений и город ассимилирован.

Это конечно я в абстракциях говорю. Но если управленец хочет жить, то чистки устраивать не будет, а просто сядет делать свои дела пока не устаканится.
Тут ещё одно играет роль. Военной полиции не то чтобы много, а населенных пунктов полно. Учитывая большое количество незаконного оружия и напряженность среди населения, чистки спровоцируют боевые столкновения, а для пропаганды война закончена, так что военных там будет по-минимуму. Короче если не аутисты (в чем разумеется есть сомнения), то пиздеца не будет.