Так-то выше все правильно сказано.
Начнем с того, что ЕСПЧ является сугубо толковательной инстанцией. Он НЕ заменяет национальное законодательство и НЕ является высшей судебной инстанцией. И уже конечно, он НЕ может отменять решения национальных судов - принципиально нет у него таких полномочий. Поэтому, да - компенсацию-то Навальному ЕСПЧ присудить может, но дать юридически значимую причину не являть в ФСИН - никак нет.