Да, вирус может мутировать в сторону большей убойности, это реальная и серьёзная угроза.
Но в целом эволюция толкает паразитов в сторону бережного отношения к хозяевам, смерть хозяина паразиту не выгодна. Только паразиты, не убивающие хозяев быстро, могут жить в их популяции долго и благополучно. Паразиты, быстро убивающие хозяев, могут дать острую вспышку заболевания, выкосить популяцию хозяев на некоторой территории, и умереть вместе с ними. Да, случайно могут уничтожить хозяев полностью.
Мутации - это лотерея, кому как повезёт.