Вполне возможно, что важность новости оценивается по общей посещаемости. Если новость только на медузе, например, то Яндекс её и не покажет. Вообще как алгоритму оценивать, что новость важная если все самые популярные новостные сайты о ней молчат. Может она тогда и не такая уж и важная для среднестатистического пользователя.
Ну а может на Яндекс давят, я на самом деле не знаю.